Som i likheten til mange andre byer i Spania og Andalusia er historien til Fuengirola preget av fønikkerne, romerne, visigother og arabere.

Romerne kaldte byen Suel og man har funnet bad og en statu av Venus etter romerne. Det var enten store tidevanns bøglger eller ødeleggelser fra Visigotherne som har gjort at byen Fuengirola forsvant fra historien under middels alderen. Senere bosatte araberne seg i området og kaldte byen Suhayl. I 1485 ble byen igjen lagt i ruiner av kongen katolske armé og byen fikk et nytt navn; Font-Girola.

Byen ble i 1960 en turist destinasjon.